Die ECT setzt nun im Stoffwechselsystem der Tumorzelle an und wirkt positiv im Immunisierungsprozess. Dazu werden in und am tumorösen Bereich elektrische Pole angebracht (Elektroden), die die Stelle mit schwachem Gleichstrom durchfließen. Der elektrische Widerstand der Tumorzellen ist herabgesetzt, sodass sich der schwache Strom nur in ihnen schädlich fokussieren kann, nicht aber im gesunden Gewebe. Wucherungen werden auf diese Weise, oft bereits in einer einzigen Sitzung von bis zu drei Stunden Dauer, schrittweise steril zum Absterben gebracht (aseptische Bionekrose). Nach und nach wird das Gewebe vom gesunden Körper abgestoßen bzw. von Fresszellen (Phagozyten) des Immunsystems verstoffwechselt.
Während einer Behandlung wird ein elektrisches Feld aufgebaut und geladene Teilchen (Ionen) jeweils unterschiedlich zu den Polen gezogen (Elektrolyse), Na+ und H+ beispielsweise zur Kathode (negativer Pol) und Cl- zur Anode (positiver Pol). Damit bildet sich um die Kathode ein alkalisches, um die Anode ein saures Milieu. Die pH-Werte liegen in beiden Fällen weit außerhalb des physiologischen Bereichs und wirken gewebezerstörend. Die Membranpotentiale verändern sich mit Änderung des elektrolytischen Milieus in und um die Zelle. Es kommt zur Durchlöcherung der Membrane im beschleunigten Ionenfluss, zu Störungen von Stoffwechselfunktionen und intrazellulären Strukturen. Die Zelle wird von Immunzellen angreifbar, weil diese nun nicht mehr elektrisch abgestoßen werden. Gleichzeitig werden Tumorantigene freigesetzt und von angelockten Immunzellen verstärkt erkannt. Einer Metastasenneubildung wird effektiv entgegengewirkt, auch indem bereits während der Platzierung der Elektroden der Strom schon aktiv ist und dadurch eventuell losgelöste Tumorzellen im elektrischen Feld festgehalten werden.